時は幕末。
主人公・惣一は、剣の師匠である霧と二人で旅を続けていた。
表向きの旅の目的は、惣一の剣の修行。
惣修行と称して町道場を転々としながら、二人はとある人物を探していた。
二人の本当の旅の目的は、霧の養父を殺した仇を探し出すこと。
探し出して、養父の無念を晴らすことだった。
二人は旅の途中、江戸付近の港町・御津鍬（みつくわ）藩に立ち寄る。
ならず者に絡まれていたところを助けた縁から、茜とさくらに腕を見込まれて人探しを頼まれる。
行方不明になったさくらの父親を探して欲しい。
行方不明になる前に、最近町に出回っている妙な麻薬を調べていたから、事件に巻き込まれてしまったのかもしれない。
はじめは渋ったものの、食事と宿を提供してくれるという条件に惹かれて了承してしまう。
そうして二人は、茜の家『胡桃屋』に滞在しながらさくらの父親を探すことになった。
調査するうち、神隠し・阿片・城代家老の不穏な動き……と、次第に単なる人探しではすまない事件であると気付き始める。
更に探索を続けていく過程で浮かび上がってくる、ルッソという謎の外国人の名前。
そして辿りついた、全ての黒幕である男、神崎――――それこそが、二人の追い求めていた仇の名だった……。

周囲を山に囲まれた閑静な住宅街、稲荷津市。
そこに住む主人公「成瀬恭一」は、幼馴染の「鈴原千夏」と共に、平凡ながらものどかな学園生活を送っていた。
だが、衣替えも終わり、夏に向けてまっすぐに進んでいく、そんな六月のある日、恭一は、一人の謎めいた女生徒「姫宮桜子」と出逢う……。
それを機に、いきなり生徒会長にさせられてしまった主人公。
これまでの人生を180度変えるような、目まぐるしいドタバタ（苦難？）の毎日が襲いかかるのだった。
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