神社の神主である父親に育てられた少年・神木真理（かみきまさみち）。
そんな彼が私立奏英学園に入学した日の夜、神社の境内に何者かが侵入すると言う事件が起こる。
賽銭泥棒だと思った真理は、すぐさま外へ飛び出すのだが、そこにいたのは、昼間、学校の部活紹介で歌を歌っていた、軽音楽部の少女・明日葉さくらだった。
父親が借金を作って失踪してしまい、突如としてホームレスとなったさくらは、野宿をする場所を求めて、神社にやってきたところだった。
事情を聞いた真理とその家族は、このままさくらを放っておくことも出来ず、さくらに神木家で暮らすことを提案するのだが……。