私立「鐘ノ音学園」は、都会から遠く離れた緑豊かな山中にある男子校。
自然以外は何もない「青春監獄」の異名を持つこの学園が、今年度から共学化となり男子学生たちは俄かに色めき立った。
そんな学園に入学した新一年生“緑河豊”（主人公）は、最初こそぎこちない学園生活だったものの、徐々にそうした環境に馴染んで、それなりに楽しい日々を過ごしていた。
しかし、経営難から学園の廃校が決まり、学生たちは廃校賛成派と反対派で対立し、不穏な空気が流れ始めた。
そして、業を煮やした廃校反対派は寮を占拠し、徹底抗戦を宣言するに至って……。