本作は、神楽崎3部作の第3部です。
(第1部　鎮花祭、第2部　てんしのはしご、第３部　霊響)両親が海外へ転勤により一人暮らしを満喫しようと思っていた綾辻真(あやつじまこと)は、ひょんな事から幼なじみで従姉妹の護法あや(ごほうあや)と新任の女教師秋端優依(あきはたゆえ)の二人と同居することになる。
入学早々、校内魔術結社に無理矢理入会させられたお陰でオカルト嫌いの科学部員総領みなみ(そうりょうみなみ)に付きまとわれたり、みなみの姉で近所の神社のちっちゃな巫女さん砂倉由美(さくらゆみ)と仲良くなったりと、それなりに楽しい学園生活を送っていた。
巷を騒がせる神隠し事件を関わったことから、真の運命は大きく傾いていくことになる。
暗躍する超常能力者、続発する不気味な事件。
事件は真の存在を中心に急展開をみせ、やがて事件の裏に隠された真相と敵対する二つの勢力の正体が明らかになっていく。